首先，用人单位在制定《员工手册》等规章制度时应当经过民主程序。《劳动合同法》第四条规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确认。

那能否认为只要经过民主程序，任何规定都能对员工进行适用呢？比如本案中，如果旷工一天扣三天工资的规定是经过民主程序制定的，是否就可以对袁某进行适用？仲裁或者法院是否可以将此作为审判的依据呢？至少从目前的司法实践中，答案依然是否定的。

司法机关对于旷工一天扣三天工资的规定不予支持的逻辑为：员工旷工一天单位可以扣一天的工资，但是单位多扣的两天工资为劳动者正常工作的工资，涉嫌克扣劳动者工资。而《劳动合同法》规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。

同时，如果我们再细细研究，可能会发现，这样的规定带给单位的风险可能不仅仅在于补上另外两天工资差额的问题。根据《劳动合同法》第三十八条的规定，用人单位未及时足额支付劳动报酬的；用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的，劳动者可以解除劳动合同且可以要求用人单位支付经济补偿金。所以单位在制定规章制度的时候需要注意，需要做到既合法也合理。否则在发生劳动争议时很有可能会因为制度违法或不具有合理性而不被司法机关所采纳。

另外再具体到本案中，公司其实可能采取另外一个更合理的方法来达到惩罚劳动者的目的。比如在公司的《员工手册》中规定，如员工当月有旷工的行为，当月的绩效奖金按照80%发放或者扣除当月的全勤奖。这样的规定显然比旷工一天扣三天的工资更具有合理性，也更有可能被司法机关所认可。